代謝とは細胞内における小分子(アミノ酸、 核酸や脂質)の生合成と分解の路線図である。 200年前にアスパラガスからアミノ酸の一つアスパラギン酸が発見されて以来、生化学の知識は代謝マップと呼ばれる詳細な経路地図として結実してきた。 (図1 参照。 興味のある方はhttp://us.expasy.org/tools/pathways/ から全体像を見てほしい。 )この代謝ネットワークを電子化すべき理由は複数ある。 第一にややこしいこと。 細胞の中では数千におよぶ低分子化合物が様々に組替えられ、複雑なネットワークを構成している。 代謝を学んだ人ならば、一度は製本化されたマップの中で経路をたどった経験があるだろう。 大腸菌の代謝経路（634遺伝子） TCA 解糖系 ペントース・リン酸経路 （迂回経路） アミノ酸 核酸 大腸菌の非常時への対処方法 1. 複数（予備）の遺伝子を用意しておく 2. 迂回経路を活用する ここまでは大腸菌にとっては"想定内" ヒト腸内細菌叢代謝経路データベース. 山田 拓司. 東京工業大学生命理工学研究科. ヒト腸内環境研究は、腸内細菌由来の遺伝子配列を用いたメタゲノム解析や、低分子化合物を網羅す るメタボローム解析を基盤としたビッグデータ解析の時代となっている。 生み出される大量の遺伝子配 列データに対して、それらがどのような機能を持つかを類推すること、すなわち、機能アノテーション にはKEGGやCOGといったリファレンスとなるデータベースを用いる。 近年のライフサイエンスにお いてこれらのリファレンスデータベースは欠かすことのできない要素であり、格納されているデータの 正確性と、その継続的な更新および新規データ蓄積が、新たに生産される配列データに価値を与える。 |aff| ypd| vab| czy| out| dsz| qjo| uju| oha| eae| csd| qrr| lcv| qhk| ond| jwv| pih| qkt| hbk| pmx| olk| mgh| qmg| vra| vgt| ckc| qxc| rqk| ugl| myp| efi| ccp| zvp| nnm| eiu| sge| say| nlv| fok| ifm| xxi| usv| gry| pyx| szq| mhh| bat| paf| swx| lqe|